FETÖ soruşturması kapsamında 7 Eylül 2016 ve 3 Haziran 2017 tarihlerinde gözaltına alındı. Her iki durumda da sorgularının ardından serbest bırakıldı.
Prof. Dr. Özer Sencar, ziraat alanındaki akademik kariyerinin ardından kurduğu Metropol Araştırma Merkezi ile Türkiye'nin önde gelen kamuoyu araştırmacılarından biri olmuştur.